位于英国欣克斯顿的欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI），Europe PMC 由该机构维护。摄影：Magnus Manske，来源：Wikimedia Commons，许可：CC BY-SA 3.0。
Europe PMC（europepmc.org）是由 EMBL-EBI 维护的免费生物医学文献库：收录全部 PubMed 摘要，与美国 PMC 共享全文，另外整合了预印本、专利、临床指南和资助信息。本文依据官方手册和 API 文档，讲清它与 PubMed 的关系、字段检索语法、章节级全文检索与文本挖掘注释，给出 4 个经实际调用的检索式和 API 请求，并说明结果判读要点与局限。
与 PubMed 的关系和收录范围
Europe PMC 与 PubMed 是互补关系，而不是两套互不相干的数据。按 Europe PMC 团队在《Nucleic Acids Research》发表的年度报告，它是 PMC International 的成员，与美国 PMC、PMC Canada 共享全文，并提供全部 PubMed 摘要；2020 年的报告进一步说明，两站新收到的全文每日交换，网站把 PubMed 摘要和对应的 PMC 全文合并在同一个文章页。所以在 PubMed 能查到的记录，在 Europe PMC 里一般以 MED 来源出现。
熟悉本站介绍过的 PubMed MeSH 检索的读者，要注意两点差异。第一，官方字段列表里没有与 PubMed [mh] 对应的独立 MeSH 字段：KW: 同时检索 MeSH 和出版商提供的关键词，CHEM: 检索 MeSH 物质词，结果会比纯主题词检索更宽。第二，API 的 synonym 参数默认关闭，设为 true 时才用 MeSH 术语和 UniProt 同义词扩展检索词，例如把 aspirin 扩展到 acetylsalicylic acid。手册没有说它等同于 PubMed 的自动词语匹配或下位词扩展，做系统检索时不要拿它替代 MeSH 检索式。
官方 Web Service 参考手册（6.9.0 版，2023 年 8 月 31 日）用 SRC: 来源代码区分各类记录，常用的有：
MED：PubMed/MEDLINE 记录。PMC：PubMed Central 全文中没有 PubMed 记录的部分（据 Annotations API 文档的来源说明）。PPR：预印本。2020 年报告称 Europe PMC 自 2018 年起收录预印本摘要，当时来自 15 个生命科学预印本服务器，包括 bioRxiv、medRxiv、Research Square 和 F1000Research 等，同年开始收录 COVID-19 相关预印本的全文。PAT：生物学相关专利，来自欧洲专利局（EPO）。HIR：NHS Evidence 提供的英国临床指南。AGR、CBA、ETH、NBK：分别是 Agricola 农业文献、中国生物学文摘、英国国家图书馆 EThOS 博士论文和 Europe PMC 书架图书。
资助信息不是一个来源代码，而是附在文献记录上的字段。2020 年报告介绍了 Grant Finder 资助数据库（当时覆盖 31 个欧洲资助方），资助与论文的对应关系由资助方、Researchfish 或作者投稿时提供，Europe PMC 还会从文章的致谢与资助部分文本挖掘资助号。检索时用 GRANT_AGENCY:（资助机构）和 GRANT_ID:（资助编号）字段。需要提醒的是，手册的来源表成文于 2023 年，个别来源是否仍在持续更新，使用前可先用 SRC: 单独检索，看最新记录的收录日期。
SciLite 在 Europe PMC 文章中显示文本挖掘注释的界面，对应下文“REST API 与文本挖掘注释”一节。图出自 SciLite 论文（Wellcome Open Research 1:25），作者：Aravind Venkatesan 等，来源：Wikimedia Commons，许可：CC BY 4.0。
字段检索语法和检索式
Europe PMC 的检索式写法是“字段名:检索词”，短语加英文双引号，用 AND、OR、NOT 和括号组合，范围用方括号，如 PUB_YEAR:[2020 TO 2024]。下表字段的定义出自官方参考手册附录；完整的可检索字段可以直接请求 API 的 fields 模块获得，它反映的是当前索引，比手册更新。
| 字段 | 用途 | 手册示例 |
|---|---|---|
AUTH: |
作者姓，可加首字母 | AUTH:"einstein G" |
TITLE: / ABSTRACT: / TITLE_ABS: |
标题、摘要、标题加摘要 | TITLE_ABS:"african swine fever" |
AFF: |
作者机构 | AFF:"university of cambridge" |
PUB_YEAR: / FIRST_PDATE: |
出版年、首次出版日期 | PUB_YEAR:[2000 TO 2001] |
SRC: |
来源代码 | SRC:PPR |
OPEN_ACCESS: |
限定开放获取 | OPEN_ACCESS:y |
IN_EPMC: |
Europe PMC 是否持有全文 | IN_EPMC:y |
PUB_TYPE: |
文献类型 | PUB_TYPE:review |
LICENSE: |
知识共享许可 | LICENSE:"cc by" |
GRANT_AGENCY: / GRANT_ID: |
资助机构、资助编号 | GRANT_ID:100229 |
METHODS: / ACK_FUND: / BODY: |
全文的方法部分、致谢与资助部分、正文 | METHODS:"yeast two-hybrid" |
DISEASE: / GENE_PROTEIN: / ORGANISM: |
文本挖掘出的疾病、基因/蛋白、生物体 | GENE_PROTEIN:gng11 |
可检索字段的完整列表：fields 模块
以下检索式都在 2026 年 10 月 22 日通过 REST API 实际调用，命中数只代表当天结果；网页检索框里可直接粘贴同样的检索式。
示例 1：找某个主题的预印本
SRC:PPR AND TITLE:"long covid"
返回 973 条。前两条分别来自 Research Square 和 Qeios，pubType 为 preprint，isOpenAccess 和 inEPMC 均为 N，意思是 Europe PMC 只有这两条的元数据，没有全文。
示例 2：只在方法部分检索
METHODS:"propensity score" AND OPEN_ACCESS:y AND PUB_YEAR:[2024 TO 2025]
返回 14,637 条。METHODS: 只检索全文中的“材料与方法”部分，找的是“实际用了倾向评分”的文章，而不是“标题里提到倾向评分”的文章。
示例 3：按资助机构筛选
GRANT_AGENCY:"Wellcome Trust" AND TITLE_ABS:malaria AND OPEN_ACCESS:y
返回 4,467 条。注意：手册示例写法 GRANT_AGENCY:wellcome 当天实测返回 0 条（加不加引号都一样），而 GRANT_AGENCY:"Wellcome Trust" 单独检索返回 219,262 条。稳妥的做法是先用 resultType=core 取一条记录，看 grantsList 里 agency 的实际写法，再照抄进检索式。
REST API 与文本挖掘注释
REST 检索接口是 https://www.ebi.ac.uk/europepmc/webservices/rest/search，用浏览器或任何 HTTP 工具发 GET 请求即可，本文的所有请求都没有注册或使用 API key。参数含义与官方手册一致，REST 返回的 request 字段也会回显这些参数：query 放检索式；format 选 json 或 xml；resultType 可选 idlist（只返回 ID）、lite（基本元数据，默认值）或 core（全部元数据，含摘要、资助和全文链接）；pageSize 默认 25，最大 1000；翻页用 cursorMark，第一页传 *，之后传上一页返回的 nextCursorMark；synonym 默认 false。
示例 4：用 API 批量取回结果
curl "https://www.ebi.ac.uk/europepmc/webservices/rest/search?query=SRC:PPR%20AND%20TITLE:%22long%20covid%22&format=json&resultType=lite&pageSize=100&cursorMark=*"
需要取回全部结果时，按 nextCursorMark 循环翻页。下面是按手册翻页规则写的示意代码，本文没有用它跑完整结果集：
import requests
BASE = "https://www.ebi.ac.uk/europepmc/webservices/rest/search"
def fetch_all(query, page_size=1000, result_type="lite"):
cursor = "*"
while True:
params = {"query": query, "format": "json", "resultType": result_type,
"pageSize": page_size, "cursorMark": cursor}
data = requests.get(BASE, params=params, timeout=60).json()
results = data["resultList"]["result"]
yield from results
next_cursor = data.get("nextCursorMark")
if not results or not next_cursor or next_cursor == cursor:
break
cursor = next_cursor
全文检索有明确边界。手册说明，Europe PMC 的全部内容都能被检索，但大部分全文受版权和许可限制，API 对这类文章只返回元数据和摘要；只有开放获取子集可以取回全文 XML 以及图表、补充材料。METHODS:、ACK_FUND:、BODY: 这类章节字段也只对 Europe PMC 持有全文的文章起作用，只有摘要的记录不会被命中。
文本挖掘注释是 Europe PMC 相对 PubMed 的特色。2020 年报告称注释平台约有 13 亿条注释，来自 10 个提供方，类型包括基因/蛋白、疾病、生物体、GO 术语、化学物质和数据库登录号等，网页端由 SciLite 在文章里高亮这些词。检索时有两种用法：在检索式里加 HAS_TM:y，限定为有文本挖掘结果的全文文章；或用 DISEASE:、GENE_PROTEIN:、ORGANISM:、GOTERM: 直接检索被挖掘出的术语。需要逐条取回注释时，用 Annotations API。
Annotations API 的 annotationsByArticleIds 一次接受 1–8 个文章 ID，格式为“来源:编号”，如 MED:14670548 或 PMC:4771370，可用 type（注释类型）、section（文章章节）、provider（提供方）过滤；annotationsByEntity 按实体名找文章，每页 1–8 篇，filter=1 时只返回命中该实体的注释。
https://www.ebi.ac.uk/europepmc/annotations_api/annotationsByArticleIds?articleIds=PMC:4771370&type=Diseases&format=JSON
2026 年 10 月 22 日调用时，接口返回了这篇文章（PMID 26864432）的记录，但 annotations 是空数组。这只说明注释库里没有它的疾病类注释，不能推出文章没有讨论疾病；去掉 type 参数可以查看它有哪些类型的注释。
结果判读与局限
- 命中数是当天的实时数字。 Europe PMC 每日更新，报告检索结果时要写明检索日期和完整检索式。本文的数字都是 2026 年 10 月 22 日的结果。
- 同一项研究可能有多条记录。 预印本（
PPR）和期刊版（MED）各成一条，2020 年报告称两者会互相链接。合并结果时按 DOI、PMID 去重，并事先决定是否保留预印本。 - 日期字段含义不同。
firstIndexDate是收录进 Europe PMC 的日期，不是发表日期。示例 3 中单独检索GRANT_AGENCY:"Wellcome Trust"返回的首条记录，firstIndexDate为 2026-09-03，pubYear却是 2027（印刷期号日期在后）。按时间筛选时，要想清楚用PUB_YEAR:、FIRST_PDATE:还是FIRST_IDATE:。 - 许可标记不等于能读全文。 上面那条记录的
license显示 cc by，但isOpenAccess和inEPMC都是 N，全文链接标注 Subscription required。判断能否阅读，优先看fullTextUrlList里各链接的可获取性说明，再用 Unpaywall 等工具核查。 - 章节检索会漏掉只有摘要的文章。 统计“某方法的使用比例”时，分子分母要用同样的全文范围（例如都加
IN_EPMC:y），否则比例会被低估。 - 字段取值依赖数据录入。 资助机构名、许可写法各不相同，手册示例也可能与现行索引不符（如上文的
GRANT_AGENCY:wellcome）。正式检索前，先取几条记录核对实际取值。 - 文本挖掘是自动标注。 可能漏标或错标，适合发现线索，不宜直接作为文献纳入或排除的依据。
- 主题词检索仍以 PubMed 为主。 Europe PMC 没有独立的 MeSH 字段，做系统检索时可以用 PubMed 的 MeSH 检索式打底，再用 Europe PMC 补充预印本、全文章节和资助维度。